如果病情轻微，感染巨细胞病毒的儿童可以没有临床症状。感染巨细胞病毒时，患儿还可能会出现不同程度的肝脏损害症状，如黄疸、肝脾肿大、转氨酶升高、胆红素升高，甚至出现胆汁淤积性肝病。另外，也会出现不同程度的消化道症状，如食欲下降、大便异常、消化不良等。严重的巨细胞病毒感染可累及多个系统和器官，如巨细胞病毒哮喘、肺炎、咳嗽、肺部体征和肺部影像学改变。巨细胞病毒感染性脑炎可引起神经系统症状，如惊厥，还可能影响儿童的五官，导致感觉神经性耳聋。严重且长期的智力低下、运动和发育障碍，甚至癫痫、脑瘫、视力受损都有可能。