三代试管双胞胎的母亲由于年龄较大，导致受孕的几率会大大降低，同时有更高的胎儿畸形或先天性疾病的风险。三代试管双胞胎的技术标准要求比较高，需要使用先进的技术进行操作，如果技术不当，将会出现质量问题，从而影响受孕率。一般精子活力不佳和形态不佳都会影响受孕率，而三代试管双胞胎的技术要求更高，这种风险性会更大。三代试管双胞胎过程中，因为受孕过程中母体会产生一定的免疫反应，容易导致胎儿的出现免疫系统疾病。